Cùng với sự thành lập của tổ chức công đoàn tại công ty, BTV Đoàn Sở Giao thông công chánh ( nay là Đoàn Sở Giao thông vận tải) đã chỉ định thành lập BCH lâm thời Đoàn thanh niên Công ty quản lý công trình cầu phà thành phố, trong đó chỉ định Đ/c Trần Minh Thành làm Bí thư, Đ/c Trần Minh Trung làm Phó Bí thư và Đ/c Lê Nga Phương làm Ủy viên BTV.
ĐẠI HỘI LẦN THỨ I NHIỆM KỲ 2000 - 2003
Tháng 9 năm 2000, BCH Đoàn lâm thời đã tổ chức Đại hội lần thứ I, nhiệm kỳ 2000 - 2003. Đại hội đã bầu 11 Đồng chí Ủy viên BCH, BCH đã bầu Đ/c Trần Minh Thành làm Bí thư, Đ/c Trần Minh Trung làm Phó Bí thư và Đ/c Lê Nga Phương làm Ủy viên BTV.
ĐẠI HỘI LẦN THỨ II NHIỆM KỲ 2003 - 2005
Tháng 10 năm 2003, Đoàn thanh niên tổ chức Đại hội lần thứ II, nhiệm kỳ 2003-2005. Đại hội đã bầu 11 Đồng chí Ủy viên BCH, BCH đã bầu và Đ/c Trần Minh Thành tái đắc cử làm Bí thư, Đ/c Trần Minh Trung làm Phó Bí thư và Đ/c Trần Thị Thanh Hằng làm Ủy viên BTV.
ĐẠI HỘI LẦN THỨ III NHIỆM KỲ 2005 - 2008
Ngày 03/ 10/ 2005, Đoàn thanh niên tổ chức Đại hội lần thứ III nhiệm kỳ 2005-2008. Đại hội đã bầu 11 Đ/c vào BCH nhiệm kỳ 2005-2008, BCH đã bầu Ban thường vụ gồm: Đ/c Trần Minh Trung làm Bí thư, Đ/c Nguyễn Văn Bang làm Phó Bí thư và Đ/c Trần Thị Thanh Hằng làm UV Ban thường vụ.
ĐẠI HỘI LẦN THỨ IV NHIỆM KỲ 2009 - 2011
Ban chấp hành nhiệm kỳ IV ( 2009 - 2011) gồm 11 đồng chí. Đ/c Dương Thanh Bình làm Bí thư, Đ/c Nguyễn Văn Bang làm Phó Bí thư và Đ/c Lê Ngọc Mai làm UV Ban thường vụ.
ĐẠI HỘI LẦN THỨ V NHIỆM KỲ 2011 - 2013
Ngày 28/ 4/ 2011, Đoàn thanh niên tổ chức Đại hội lần thứ V nhiệm kỳ 2011-2013. Đại hội đã bầu 11 Đ/c vào BCH nhiệm kỳ 2011-2013, BCH đã bầu Ban thường vụ gồm: Đ/c Dương Thanh Bình làm Bí thư, Đ/c Nguyễn Thanh Tuấn làm Phó Bí thư và Đ/c Nguyễn Hồng Hiền làm UV Ban thường vụ.
ĐẠI HỘI LẦN THỨ VI NHIỆM KỲ 2013 - 2015
Ngày 26/ 4/ 2013, Đoàn thanh niên tổ chức Đại hội lần thứ VI nhiệm kỳ 2013-2015. Đại hội đã bầu 13 Đ/c vào BCH nhiệm kỳ 2013 - 2015, BCH đã bầu Ban thường vụ gồm: Đ/c Nguyễn Thanh Tuấn làm Bí thư, Đ/c Võ Nhật Tiến làm Phó Bí thư và Đ/c Dư Thị Cẩm Tú làm UV Ban thường vụ.
ĐẠI HỘI LẦN THỨ VII NHIỆM KỲ 2015 - 2017
Ngày 23/ 3/ 2015, Đoàn thanh niên tổ chức Đại hội lần thứ VII nhiệm kỳ 2015-2017. Đại hội đã bầu 11 Đ/c vào BCH nhiệm kỳ 2015 - 2017, BCH đã bầu Ban thường vụ gồm: Đ/c Võ Nhật Tiến làm Bí thư, Đ/c Dư Thị Cẩm Tú làm Phó Bí thư và Đ/c Nguyễn Văn Tuấn làm UV Ban thường vụ.
ĐẠI HỘI CHI ĐOÀN NHIỆM KỲ 2024 - 2027
- Đ/c: Trần Văn Huân - Bí thư
- Đ/c: Nguyễn Xuân Việt- Phó Bí thư
- Đ/c: Nguyễn Văn Quân - UV Ban chấp hành
- Đ/c: Phạm Thị Thùy Dương - UV Ban chấp hành
- Đ/c: Trần Thị Vy - UV Ban chấp hành