Trong những năm đầu của thế kỷ thứ 20, bến phà Thủ Thiêm đã hình thành xuất phát từ nhu cầu qua lại giữa bán đảo Thủ Thiêm và tỉnh Gia Định của người dân thời bấy giờ.

Trước ngày 30/4/1975 chính quyền chế độ cũ giao cho tư nhân đấu thầu quản lý – khai thác bến phà chủ yếu phục vụ các đối tượng bộ hành, xe 2 và 3 bánh các loại.

Khởi đầu, bến phà chỉ có một chiếc phà chuồi và hành khách thời ấy chủ yếu  người đi bộ và xe đạp. Năm 1963 được thay thế bằng 2 chiếc phà sắt có 2 tầng chứa khách có dạng hình vỏ trái bí đao, tải trọng 20 T (do vì phà hoạt động không ổn định nên năm 1970 đã được hoán cải chỉ còn 1 tầng chứa khách) và hiện nay tên gọi Phà Thủ Thiêm số 1, Phà Thủ Thiêm số 2. Năm 1969  được đầu tư bổ sung 2 chiếc phà sắt có tải trọng 20 T người dân thường gọi “phà hột vịt” và hiện nay tên gọi Phà Thủ Thiêm số 3, Phà Thủ Thiêm số 4.

Từ năm 2000 đến nay, Công ty Quản lý Công trình Cầu Phà Thành phố không ngừng đầu tư -nâng cấp cơ sở vật chất và phương tiện nhằm nâng cao chất lượng phục vụ hành khách thuộc các đối tượng bộ hành, xe 2 và 3 bánh các loại, xe ô tô khách dưới 50 chỗ, xe ô tô tải dưới 7 T, với mục tiêu chất lượng “An toàn – Nhanh chóng, Văn minh – Lịch sự”.

• Năm 2000: đưa vào phục vụ 2 phà 60T, tên gọi Phà Thủ Thiêm A, Phà Thủ Thiêm B được đầu tư mới bằng nguồn vốn vay; 2 bến nổi có tải trọng 250 T, 2 cầu dẫn bằng thép có tải trọng 18T và văn phòng, bến bãi, nhà chờ 2 đầu bến được đầu tư mới bằng nguồn vốn ngân sách thành phố.
• Năm 2003 – 2004: đưa vào phục vụ 2 phà 60T, tên gọi Phà Thủ Thiêm C, Phà Thủ Thiêm D được đầu tư bằng nguồn vốn ngân sách thành phố.
• Năm 2005: nâng cấp nhà làm việc, bến bãi đầu bến quận 2 bằng nguồn vốn ngân sách thành phố.

Từ khi được hình thành đến nay, bến phà Thủ Thiêm tồn tại trên 70 năm. Trải qua bao thời kỳ lịch sử, nó luôn đóng vai trò hết sức quan trọng trong mạng lưới giao thông thành phố, là tuyến đường huyết mạch nối liền Quận 2 và các vùng lân cận với trung tâm thành phố. Cán bộ công nhân viên Xí nghiệp Quản lý Phà Thủ Thiêm tự hào mang đến người dân Thành phố miền tin yêu với chỉ số hài lòng trong cung cách phục vụ ngày càng cao.